يعد برنامج الماجستير بكلية التربية في الجامعة الإسلامية من أوائل برامج الماجستير في محافظات غزة، حيث قام بتلبية رغبات الكثير من مسئولي وموظفي الإدارات التعليمية بقطاع غزة، وبذلك ساهم في رفع مستوياتهم الأكاديمية من جهة، والرقي بالجانب التعليمي في هذه الإدارات من جهة أخرى، كما أن هذا البرنامج كان تلبية لطموحات الكثير من أبناء هذا الشعب الذين حرموا من التعليم في مجال الدراسات العليا على الصعيد المحلي.